1944 végén mint a magyarországi földreform kidolgozója, a Magyar Kommunista Párt egyik vezetőjeként tér haza családjával. Az ideiglenes kormány földművelésügyi minisztereként nevéhez fűződik az 1945-ös földreform megalkotása és végrehajtása. Négy hónapos belügyminiszterségéről leváltják, a pártban agrárkérdésekkel foglalkozik továbbra is. 1947–1949 között az országgyűlés elnöke, az MKP falusi osztályának vezetője, a politikai bizottság tagja. Ellenzi az erőszakos kollektivizálást, 1949 őszén kizárják a párt vezető testületeiből. Egyetemi tanár a gödöllői Agrártudományi Egyetemen, később más egyetemeken is tanít, jelentős tanítványi köre alakul ki. A Magyar Tudományos Akadémia tagja lesz. 1950 végétől élelmezési, 1952 elejétől begyűjtési miniszter, majd miniszterelnök-helyettes.
  1953. július 4-től az ország miniszterelnöke. Jelentős reformokat valósít meg, szakít a túlzott iparosítással és az erőszakos kollektivizálással, több százezer ember előtt nyitja ki a munkatáborok, börtönök kapuját, megszünteti a kitelepítést, a kuláklistát, meghirdeti az Alkotmányban rögzített jogrend és törvényesség betartását, a vallási toleranciát, fellép a személyi kultusz és a rendőri túlkapások ellen. 1954-ben átfogó politikai és gazdasági reformot indít el (pld. életszínvonal emelést realizál, béreket emel és árakat csökkent, lehetővé teszi a magánkisipar működését és a termelőszövetkezetekből való kilépést, csökkenti a beszolgáltatások mértékét stb.).
  1955 áprilisában leváltják minden állami és párttisztségéből, kizárják a pártból és a Tudományos Akadémiából is, nyugdíjasként, szinte házi őrizetben él. Vezéralakja lesz az ellenzéknek, írásaiban erőteljesen bírálja a sztálinista rendszert, a személyi kultuszt és diktatúrát, síkra száll a nemzeti függetlenségért, önrendelkezésért, az ország katonai tömbökön kívüli státuszáért.
  1956. október 23-án a Budapesten tüntető tömeg követeli kormányfői kinevezését, melyet másnap hajnalban elvállal. Mindvégig ellenez mindenfajta erőszakot, politikai kibontakozásra törekszik, egyeztet, tárgyal az értelmiség, a munkástanácsok, a fegyveres csoportok küldötteivel. Október 28-án tűzszünetet hirdet, fellép a szovjet csapatok kivonulásáért, 30-án bejelenti a többpártrendszert és koalíciós kormányt alakít. November 1-én bejelenti az ország semlegességét, kilépését a Varsói Szerződésből, az ENSZ és a Biztonsági Tanács segítségét és védelmét kéri.